分子蒸餾，是一種近幾年發展迅速的分離技術，它可以解決具有熱敏性、高沸點等性質的物質的分離問題。分子蒸餾過程與傳統的蒸餾過程不同，傳統蒸餾是在沸點溫度下進行分離的，蒸發與冷凝過程是可逆的，液相與汽相間會形成平衡狀態。分子蒸餾過程是一個不可逆的，并且在遠離物質常壓沸點溫度下進行的蒸餾過程，更確切地說，它是分子蒸發的過程。

與普通蒸餾的比較，分子蒸餾技術具有幾大特點。
1）蒸餾蒸空度高。分子蒸餾儀可以創造一個高真空度系統環境的重要因素是其具有很好的密封性，內部壓力可降至0.1Pa 以下。
2）蒸餾溫度低。常規蒸餾是依靠物料混合物中不同物質的沸點差進行分離的，而分子蒸餾是靠不同物質的分子運動平均自由程的差別來進行分離的，并不要求物料一定要達到沸騰狀態，只要分子從液相中揮發逸出，就可以實現分離。正因為分子蒸餾是在遠離沸點下進行操作，因此產品的能耗小。
3）分離效率高。分子蒸餾過程由于其不可逆性，使其能夠分離普通蒸餾無法分離的物料，這一特點使得分子蒸餾技術可以應用在要求產物高純度的食品及醫藥領域。
4）物料受熱時間短。由于分子蒸餾是利用不同物質分子運動平均自由程的差別而實現分離的，其基本要求是加熱面與冷凝面的距離必須小于輕分子的運動平均自由程，這個距離通常很小，因此輕分子由液面逸出后幾乎未發生碰撞即射向冷凝面，所以受熱時間極短。研究測定指出，分子蒸餾受熱時間僅為幾秒或幾十秒，從而在很大程度上避免了物質的分解或聚合。